Stasiun Geofisika Klas I Jayapura mulai beroperasi sejak tahun 1972 dibawah Lembaga Meteorologi dan Geofisika Jakarta dan pada tanggal 9 Pebruari 1973 diresmikan operasionalnya oleh Menteri Perhubungan Drs. Frans Seda. Pada tanggal 3 Februari 1973 pertama kali dioperasikan peralatan Seismograph Fotografik Sprengnether 3 Komponen. Melalui kerjasama Pusat Meteorologi dan Geofisika dengan UNESCO , pada tahun 1977 dibantu peralatan operasional Visual Seismograph Short Period SPS-1 (Kinematric) dan Strong Motion Accelerograph (SMA-1) untuk deteksi gempabumi kuat. Pada tahun 1998 kerjasama BMG dengan ERI Tokyo University sebagai bagian dalam OHP (Ocean Hemisphere of Pacific Project) yang diprakarsai oleh JAMSTEC ( Japan Agency for Marine - Earth Science And Technology), mengoperasikan peralatan Digital Broadband Seismograph STS-1 Very Broadband Seismometer.

Kemudian pada tahun 2000, kerjasama BMG dengan CTBTO (Comprehensive Nuclear-Test-Ban Treaty Organization) sebagai salah satu stasiun pendukung ( Auxialary Station) dengan kode AS041, mengoperasikan peralatan Digital Broadband Seismograph CMG - 3T, dan pada tanggal 10 Desember 2011 digantikan dengan Digital Broadband Seismograph Trilium. Pasca gempabumi Aceh 26 Desember 2004, pada tahun 2005 dibangun peralatan InaTEWS (Indonesia Tsunami Early Warning System) berupa peralatan Digital Broadband Seismograph STS-2 dengan sarana komunikasi LIBRA. Duplikasi fungsi antara peralatan CTBTO dan InaTEWS Libra maka kemudian pada tahun 2010 peralatan Digital Broadband Seismograph STS-2 dipindahkan ke Nabire. Fungsi jaringan InaTEWS di Jayapura hanya mengoperasikan peralatan CTBTO. Pada tahun 2010 dan 2012 berturut-turut melalui kegiatan Belanja Modal BMKG Jakarta, Stasiun Geofisika Kelas I Jayapura mendapat tambahan peralatan survery berupa Portable Digital Seismograph Taide TDV-23S, dan Accelerograph Titan_0077 untuk mengukur nilai PGA ( Peak Ground Acceleration ).